L'hôtel est une commande de Thomas Cook , qui ne le verra pourtant jamais réalisé, étant décédé avant sa construction. Les travaux commencent en 1899 et finissent trois ans plus tard. En 1902 a lieu l'inauguration, à laquelle assiste Winston Churchill , qui y a une suite attitrée (la 1101) De deux étages, avec une façade couleur caramel, l'hôtel accueille un jardin luxuriant. Une annexe contemporaine, le Nile, est construire dans les années 1960 ; elle accueille le bar Yassmin3.
De nombreuses personnalités y ont séjourné, comme le roi d'Arabie saoudite Fayçal , le roi d'Égypte Farouk ,LOUIS Mountbatten , Antoine de Saint-Exupéry , André Malraux , Francois Mitterand , Diana Spencer ou encore la reine d'Espagne Sophie . L'Aga Khan III y passe sa nuit de noce avec son épouse Yvette Labrousse et y réserve une suite tous les hivers ; cette dernière y fait déposer chaque jour une rose rouge dans une flûte de cristal jusqu'à sa mort, en 2000.
La romancière britannique Agatha Christie y vient plusieurs fois. Lors de sa première visite, elle note : « Cet hôtel regorge à présent de personnages notoires. Bientôt, on en parlera dans les gazettes. Des beautés mondaines, des écrivains à la mode ». Dans la suite 1201, au deuxième étage, elle rédige en 1935 quelques chapitres de Mort sur le Nil . Des scènes de l'adaptation cinematographique en 1978 y sont tournées. Y ont été également tournées des scènes d'un james Bond en 1978 avec Roger Moore, " l'espion qui m'aimait " .
L'hôtel ferme entre 2008 et 2011 pour rénovation. Il est réaménagé par l'architecte d'intérieur Sybille de Margerie.